Według wzmianek, w XIV wieku osada należała do rodu Nałęczów. Ówcześnie nosiła nazwę Mościska, którą to Mikołaj Nałęcz zmienił na Wenecję, po powrocie ze studiów w Wenecji. Także z jego inicjatywy powstał tu zamek obronny oraz kościół, na miejscu którego do dziś istnieje świątynia z XIX wieku. Jeszcze w wieku XIV Wenecja otrzymała prawa miejskie, które w latach późniejszych zostały jej jednak odebrane. W latach 1975-1998 miejscowość należała administracyjnie do województwa bydgoskiego.

Wenecja znajduje się na Szlaku Piastowskim. Wiedzie przez nią również trasa Żnińskiej Kolei Powiatowej, która obecnie nie funkcjonuje już jako regularny środek transportu dla okolicznych mieszkańców. Jest to kolej wąskotorowa, posiadająca rozstaw szyn liczący jedynie 60 cm, co sprawia, że są to najwęższe tory kolei publicznej w Europie. W sezonie turystycznym możliwa jest przejażdżka kolejką na trasie: Żnin-Wenecja-Biskupin-Gąsawa.